The DNA Sequence Quality Machine at IFOM: HELP page


This program associates to raw sequence files (ABI or SCF) a measure of the quality of the sequencing reaction and acquisition, using Brent Ewing's Phred base calling and quality evaluation software.
It is possible to evaluate up to five sequence files in a single run. Selecting the "Use Phred Base call" option, every single file will pass through Phred base calling. Selecting the "Use Original ABI base call" option, every single sequence file will be read and visualized, but the original ABI base calling will be kept and quality values evaluation will not be performed

Output:


Questo tool consente di associare a files di sequenza di tipo ABI e SCF un valore che ne misura la qualità, calcolato tramite il programma Phred di Brent Ewing.
Possono essere esaminati fino a cinque files contemporaneamente. Selezionando l'opzione "Use Phred Base call" ogni singolo file viene sottoposto al Base Call e Quality Value Extraction di Phred. Selezionando l'opzione "Use Original ABI base call" ogni singolo file viene solamente aperto e visualizzato, ma non analizzato.

Output: